Après une formation en arts plastiques (DEA en arts plastiques à l'université Rennes 2, DNSEP à l'école des beaux-arts de Rennes) et en danse (ex.e.r.ce au Centre chorégraphique national Languedoc-Roussillon à Montpellier), Mickaël Phelippeau travaille avec de nombreux chorégraphes parmi lesquels Mathilde Monnier, Alain Buffard, Laure Bonicel, John Scott, Daniel Larrieu, Sylvain Prunenec, le metteur en scène Gilles Pastor, l'écrivain Christophe Fiat. Il collabore également et à divers titres aux projets et chantiers d'autres chorégraphes, d'écrivains tels que Édouard Levé, de plasticiens tels que Laurent Goldring, de chanteurs tels que Barbara Carlotti.

De 2001 à 2008, il travaille avec quatre autres artistes au sein du Clubdes5, collectif de danseurs-interprètes (avec Maeva Cunci, Typhaine Heissat, Virginie Thomas et Maud Le Pladec). Avec cette dernière, il crée les pièces Fidelinka-extension et Fidelinka.

Mickaël Phelippeau développe ses projets chorégraphiques depuis 1999. En parallèle, il poursuit une démarche à géométrie variable, convoquant différents champs et média et s'inscrivant dans des contextes divers. Depuis 2003, il axe principalement ses recherches autour de la démarche bi-portrait, prétexte à la rencontre. Celle-ci a commencé par un travail photographique qui se prolonge encore aujourd'hui, se déclinant sous la forme de plusieurs centaines de portraits. Ceux-ci sont régulièrement exposés.

En 2008, il crée la pièce chorégraphique bi-portrait Jean-Yves puis bi-portrait Yves C. qui sont l'occasion de poser la question de l'altérité sous forme de portraits croisés, le premier avec Jean-Yves Robert, curé de Bègles, le second avec Yves Calvez, chorégraphe d'un cercle de danse traditionnelle bretonne. En 2010, il crée Round Round Round (film dans lequel a lieu une fête de village mais sans fête ni village), en 2011 Numéro d'objet (quatuor de femmes interprètes depuis les années 80 pour lesquelles la question de la carrière et de la génération est à présent une donne incontournable) et The Yellow Project (pièce pour 50 amoureux du jaune), en 2012 Sueños (duo de et avec la chanteuse Elli Medeiros) et Chorus (pièce pour 24 choristes), en 2013 enjoy the silence (duo de et avec l'auteur Célia Houdart).

Depuis 2010, Mickaël Phelippeau est directeur artistique de la manifestation à Guissény en Bretagne (prenant la suite d'Alain Michard) où il invite des chorégraphes en résidence et à travailler avec les habitants de ce village.

Il est artiste associé pour trois ans au Quartz-Scène nationale de Brest depuis septembre 2011 et au Théâtre Brétigny-Scène conventionnée du Val d'Orge depuis septembre 2012.